外部工具

SilicoLab 在没有可选外部工具时也可以启动。只有在使用对应功能时，才需要安装 这些程序。

ORCA

量子化学计算默认使用内置 Hartree 引擎。ORCA 是可选引擎，首版支持分子体系的 单点能、几何优化和振动频率计算；过渡态与周期 QM 计算仅支持 Hartree。

请单独安装 ORCA，然后打开 设置 > 计算目标，在本机或远程主机的 ORCA 行中 填写该目标可用的可执行文件路径，再点击 验证。SilicoLab 不会自动搜索或选择 ORCA。在 Windows 中使用 WSL 版 ORCA 时，将命令前缀设为 wsl.exe -e，程序填写 WSL 内的通用 Linux 路径，例如 /opt/orca/orca；原生安装则将命令前缀留空。

在 QM 任务面板中显式选择 ORCA，或在脚本中使用 qm energy --engine orca。 ORCA 默认使用一个 CPU 核心；请求更多核心会启用 %pal 并行模式，并要求目标 环境中能够调用 mpirun。

GROMACS

分子动力学模拟需要单独安装 GROMACS。

强烈建议使用 GPU 加速。只用 CPU 运行分子动力学在技术上可行，但对于稍复杂的 体系通常会非常慢。

• Windows： 在 WSL 中安装 GROMACS。快速开始可用 sudo apt install gromacs。如需 GPU 加速， 请在 WSL 中从源码编译带 CUDA 支持的 GROMACS。
• Linux： 快速开始可用 sudo apt install gromacs。正式运行 MD 时， 建议从源码编译并启用 CUDA 或 ROCm。
• macOS： 可用 brew install gromacs 安装。Apple 硬件不支持 GROMACS GPU 加速，因此 MD 性能会受限。

安装后，打开 SilicoLab，在引擎设置中检测 gmx 可执行文件，再运行 MD。

远程主机

大型计算也可以通过 SSH 运行在远程 Linux 主机上。当本机没有 GPU，或所需引擎 只在 HPC 登录节点、工作站上可用时，这种方式很有用。

参见远程执行了解 SSH 配置流程。