远程执行
量子化学、分子对接和 MD/GROMACS 任务可以在远程 x86-64 Linux 主机上运行，
图形界面仍保留在本机。SilicoLab 使用系统的 ssh 和 scp，首次使用时会部署
与应用版本匹配并经过校验的 worker，并缓存到 ~/.silicolab/workers，后续部署
（包括部署到新主机）无需联网即可完成。
配置 SSH
Section titled “配置 SSH”打开 Settings > Engines > Remote Hosts，填写主机地址、SSH 用户、端口和工作
目录，然后选择 Set up passwordless login。SilicoLab 会在
~/.silicolab/keys 下创建专用密钥，并保持严格的主机密钥验证。只需在远程主机
执行一次界面显示的授权命令，再选择 Verify。
工作目录默认为 ~/.silicolab。该目录必须能被所有可能执行任务的计算节点读写；
集群通常应使用共享 home、项目目录或 scratch 文件系统。配置 Slurm 后选择
Test scheduler，SilicoLab 会提交一个真实的短任务，验证计算节点能看到 worker。
Job environment commands 在分配到的作业内部、worker 启动前执行，可用于
module load gromacs 或 CUDA 环境。Scheduler setup commands 在登录节点调用
sbatch、squeue、scontrol 和 scancel 前执行，仅在非交互 SSH 环境找不到
Slurm 命令时填写。
Direct SSH
Section titled “Direct SSH”专用工作站或裸计算节点请选择 Direct SSH。worker 会作为分离的进程组运行。 CPU 请求会限制 worker 线程池；由于没有调度器，内存和时限不会被强制执行。
选择 Slurm，并按集群要求配置：
- Partition：队列，例如
debug或gpu； - Account：作业计费使用的分配账户；
- QOS：集群定义的服务等级；
- Reservation 和 Constraint：可选的高级筛选条件；
- 默认 CPU、内存和时限：任务未单独覆盖时使用。
选择 Detect Slurm 验证 sbatch、squeue、scancel 和 scontrol。
sacct 不是必需项；不可用时 SilicoLab 会用 scontrol 查询终态。选择
Refresh cluster 可获取分区、GPU 类型和节点特性建议，这些信息只是提示，
不代表资源已经预留。
GPU 默认使用 GRES 语法。每个任务可以选择：
- No GPU；
- Any available GPU 并填写数量；
- Specific type，填写
a100等集群 GPU 类型及数量。
SilicoLab 会将其转换为 --gres=gpu[:type]:count。只有集群管理员明确要求时才改用
--gpus。两者都不适用的集群可以选择 Custom，填写含 {count} 占位符（{type}
可选）的模板参数，例如 --gres=accel:{type}:{count}。物理 GPU 编号由 Slurm 分配，
并通过作业环境暴露给引擎。
在任务面板的 Run on 中选择主机，然后设置 CPU、内存、时限和 GPU 意图。
任务监视器会显示 queued、running、completing、cancelling 及终态。Slurm 排队任务
还会显示 Priority、Resources、InvalidAccount 或 InvalidQOS 等原因。
选择 Refresh Remote 可更新状态并只获取新增日志。关闭 SilicoLab 不会停止远程 任务；重新打开项目后刷新即可继续监控或取回结果。提交时保存的调度器和远程目录 始终有效，之后修改主机配置不会改变已有任务的位置。
对排队中或运行中的任务选择 Cancel。Slurm 作业会保持 Cancelling，直到
调度器确认 CANCELLED；重复取消是安全的。只有确认终态后才能删除远程临时目录。
对于 Slurm 目标，登录节点的 CPU/GPU 利用率不会被显示为集群利用率；请在任务 监视器查看分配状态和排队原因。
- Account、QOS 或 Partition 无效：使用管理员提供的精确值，并刷新查看 Slurm 排队原因。
- 计算节点看不到 worker：将工作目录改到共享文件系统，再运行 Test scheduler。
- 没有终态历史：集群可能禁用了
sacct。SilicoLab 会自动回退到scontrol， 但可查询时长仍取决于控制器的保留策略。 - 指定 GPU 类型后一直排队：用 Refresh cluster 检查类型拼写，并确认分区 包含该 GRES 类型。
- 找不到 GROMACS：在 Job environment commands 中加载相应模块或环境， 然后运行 Detect GROMACS。
- worker 下载失败（离线、代理或 GitHub 限流）：首次部署某个 SilicoLab 版本
时会从 GitHub 获取版本匹配的 worker，并缓存到
~/.silicolab/workers供复用。 若需离线使用远程计算，请在每次升级后先联网运行一次远程任务以预热缓存。已缓存的 worker 复用时不发起任何网络请求；只有新版本的首次获取才需要访问 GitHub。